Antes de apagar uma Conta, esta não pode ter nenhum lançamento registrado, nem programações associadas a ela. Apague todos os lançamentos da conta, e remova as programações da mesma, e então continue para apagar a conta.
Na lista de contas, selecione a conta que deseja apagar. Na barra de ferramentas de contas, clique no botão Apagar Conta: